随着农业税的取消以及各项惠农政策的落实，农民负担明显减轻。但一些地方向农民伸手禁而不绝，出现了“免了税，长了费”的现象。
公路“村村通”工程的筹资方式是，省按公里给予补助，不足部分由市、县各级财政配套解决。但在具体实施过程中，不少县、乡通过向农民集资的办法解决，群众反应强烈。安徽省砀山县葛集镇朱兰店村2005年人均集资20元修路，2006年人均集资达120元。怀远县常坟镇集西村修路人均集资60元，靠近公路的住户按路边房宽度每米加收100元。
实行义务教育收费“一费制”后，安徽一些学校仍然强制学生订阅教辅资料，有的学校在学期中途收费且不给票据。2006年，滁州市对该市范围内教育乱收费专项检查，结果发现违规收费20余万元，代收款70多万元。
农村税费改革之后，农民负担的结构和内容、收取的对象和范围都有了新的变化。农民负担涉及的对象从过去整乡、整村转向部分需要办事的特定农户；主体由过去主要以乡村组织为主转向部门、乡村组织和市场中介的发散型多重主体；重点由过去主要为行政事业性乱收费转变为经营性和行政事业性乱收费并存；项目由过去以明税为主转向暗费为主。这就使得目前农民负担问题的隐蔽性增强，监管难度加大。
记者点评：县乡财税体制不规范，各种与经济社会发展相适应的必要公共开支缺少规范的税收来源，这不仅是造成农民负担沉重的原因，也是农民增收困难和农村经济发展缺乏持续驱动力的主要制度性因素。要通过多层面的制度创新对目前的县乡财政体制进行改革和创新，建立真正适应我国农村实际和基层经济发展的公共财政体制，这样才不至于造成基层政府部门和组织“背着国家吃农民”。
减：浑水摸鱼截留补贴
2006年，安徽省定远县七里塘乡以党政联席会议形式违规作出决定，向全乡每个农民人均筹集“以资代劳”款20元，由乡政府统一安排使用。该乡在发放水稻良种补贴款时，乡包村干部与财政所人员会同村干部直接从农民的良种补贴中扣除。濉溪县双堆镇大桥、王言两个村则强行收缴农民粮补存折，从中抵扣集资款，引起农民不满。
近年来，中央和各级政府加大支农力度，相继出台了一系列财政涉农补贴政策。尽管中央三令五申，不准抵扣国家对农民的各项补贴款，但仍有少数地方将农民的补贴款用于抵扣公路配套集资、水费和“一事一议”等。
2006年山东省专门组织了对农民负担的检查，全省共查处各类涉及农民负担案（事）件427起（次），其中相当一部分是中央惠农补贴政策没有完全落实的案件。2006年底，鲁西北一个村在收取水费时，将国家发放的粮食直补直接抵扣，同时将车船使用税混征在水费中，还私自加收一部分用于校舍改造。
在查处的案件中，不少属于发放的操作形式存在问题。中央在直补资金发放上要求明确，不准抵扣。而一些基层干部对此认识不到位，嫌一家一户发放太麻烦，就直接抵扣了其他费用，将影响中央直补政策的效果，也影响到基层组织在群众心目中的威信。
记者点评：针对屡屡发生惠农资金被截留现象，专家认为主要原因有三：一是信息不对称，基层干部处在主导地位；二是乡村民主体制有待完善，从三提五统至税费改革，一些乡村干部克扣农民的意识难以改变，而农民对其缺少监督；三是惠农政策体系不完善，重资金发放轻项目监管，“一拨转，二不管”的问题十分突出。
据了解，为确保各项涉农直补政策落实，一些地方建立涉农补贴资金“一本通”发放制度，实现“一户一折一号”，把全部财政涉农补贴资金直接拨入专门账户，没有中间环节，保证资金发放足额到位。
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