国家赔偿的赔偿程序分为行政赔偿程序和刑事赔偿程序。国家赔偿法以及相关的司法解释等对此作了很多令人费解的规定，我们尝试着梳理如下：
首先，关于行政赔偿程序，又分为“一并式”和“单独式”。二者的根本区别在于：“一并式”是在申请行政复议或者提起行政诉讼时将确认行政职权行为违法与要求行政赔偿两项请求一并提出；而“单独式”通常适用于行为已被确认违法，且经过了赔偿义务机关的先行处理程序（或愈期不予处理），才可以向复议机关申请行政复议或直接向法院提起行政诉讼，但有一个例外，即对某些非具体行政行为，可以在义务机关拒不确认违法的情况下，直接向法院提起行政赔偿诉讼。
行政赔偿中的“一并式”：按行政复议、行政诉讼操作。
行政赔偿中的“单独式”：①自确定违法之日起2年内提出请求；②赔偿义务机关2个月内作出决定；③（不服的，期满之日起）3个月内向法院起诉；④一审法院3个月内判决；⑤（不服的）15日内提出上诉；⑥二审法院2个月内终审判决。（注意 * 其中④⑥可以延长。* 在第③阶段也可提起行政复议。* 即使是行政机关最终裁决的具体行政行为也可以在经过①②阶段后进入第③阶段。） 其次，关于刑事赔偿程序，依赔偿义务机关是否为法院又分为“非法院”的刑事赔偿程序和“法院”的刑事赔偿程序。
“非法院”的刑事赔偿程序：①自确定违法之日起2年内提出请求；②赔偿义务机关2个月内作出决定；③（不服的，期满之日起）30日内向上一级机关申请复议；④复议机关2个月内作出决定；⑤不服的（或逾期不作决定的）自收到决定之日起（或期满之日起）30日内向同级法院赔偿委员会提出赔偿申请； ⑥法院3个月内作出决定。
“法院”的刑事赔偿程序：①自确定违法之日起2年内提出请求；②实施侵权的法院2个月内作出决定；③（不服的，接到决定之日起）30日内向上一级法院赔偿委员会提出赔偿申请；④法院3个月内作出决定。
另外注意，在刑事赔偿程序中，赔偿请求人请求确认违法，若被要求机关不予确认，赔偿请求人有权申诉。
法条原文：
《中华人民共和国国家赔偿法》
第三条 行政机关及其工作人员在行使行政职权时有下列侵犯人身权情形之一的，受害人有取得赔偿的权利：
（一）违法拘留或者违法采取限制公民人身自由的行政强制措施的；
（二）非法拘禁或者以其他方法非法剥夺公民人身自由的；
（三）以殴打等暴力行为或者唆使他人以殴打等暴力行为造成公民身体伤害或者死亡的；
（四）违法使用武器、警械造成公民身体伤害或者死亡的；
（五）造成公民身体伤害或者死亡的其他违法行为。
第四条 行政机关及其工作人员在行使行政职权时有下列侵犯财产权情形之一的，受害人有取得赔偿的权利：
（一）违法实施罚款、吊销许可证和执照、责令停产停业、没收财物等行政处罚的；
（二）违法对财产采取查封、扣押、冻结等行政强制措施的；
（三）违反国家规定征收财物、摊派费用的；
（四）造成财产损害的其他违法行为。
第九条 赔偿义务机关对依法确认有本法第三条、第四条规定的情形之一的，应当给予赔偿。
赔偿请求人要求赔偿应当先向赔偿义务机关提出，也可以在申请行政复议和提起行政诉讼时一并提出。
第十三条 赔偿义务机关应当自收到申请之日起两个月内依照本法第四章的规定给予赔偿；逾期不予赔偿或者赔偿请求人对赔偿数额有异议的，赔偿请求人可以自期间届满之日起三个月内向人民法院提起诉讼。
第二十条 赔偿义务机关对依法确认有本法第十五条、第十六条规定的情形之一的，应当给予赔偿。
赔偿请求人要求确认有本法第十五条、第十六条规定情形之一的，被要求的机关不予确认的，赔偿请求人有权申诉。
赔偿请求人要求赔偿，应当先向赔偿义务机关提出。
赔偿程序适用本法第十条、第十一条、第十二条的规定。
第二十一条 赔偿义务机关应当自收到申请之日起两个月内依照本法第四章的规定给予赔偿；逾期不予赔偿或者赔偿请求人对赔偿数额有异议的，赔偿请求人可以自期间届满之日起三十日内向其上一级机关申请复议。
赔偿义务机关是人民法院的，赔偿请求人可以依照前款规定向其上一级人民法院赔偿委员会申请作出赔偿决定。
第二十二条 复议机关应当自收到申请之日起两个月内作出决定。
赔偿请求人不服复议决定的，可以在收到复议决定之日起三十日内向复议机关所在地的同级人民法院赔偿委员会申请作出赔偿决定；复议机关逾期不作决定的，赔偿请求人可以自期间届满之日起三十日内向复议机关所在地的同级人民法院赔偿委员会申请作出赔偿决定。
《最高人民法院关于审理行政赔偿案件若干问题的规定》
第三条 赔偿请求人认为行政机关及其工作人员实施了国家赔偿法第三条第（三）（四）（五）项和第四条第（四）项规定的非具体行政行为的行为侵犯其人身权、财产权并造成损失，赔偿义务机关拒不确认致害行为违法，赔偿请求人可直接向人民法院提起行政赔偿诉讼。
第四条 公民、法人或者其他组织在提起行政诉讼的同时一并提出行政赔偿请求的，人民法院应一并受理。
赔偿请求人单独提起行政赔偿诉讼，须以赔偿义务机关先行处理为前提。赔偿请求人对赔偿义务机关确定的赔偿数额有异议或者赔偿义务机关逾期不予赔偿，赔偿请求人有权向人民法院提起行政赔偿诉讼。
第五条 法律规定由行政机关最终裁决的具体行政行为，被作出最终裁决的行政机关确认违法，赔偿请请求人以赔偿义务机关应当赔偿而不予赔偿或逾期不予赔偿或者对赔偿数额有异议提起行政赔偿诉讼，人民法院应依法受理。
