一、民事诉讼程序中的疑难问题
关于法院确定举证责任承担权利的细化问题。最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》（以下简称《规定》）第七条规定，在法律没有具体规定，依本规定及其他司法解释无法确定举证责任承担时，人民法院可以根据公平原则和诚实信用原则，综合当事人举证能力等因素确定举证责任的承担。该条系授权性条款，授予法官在无法依法确定举证责任承担时，可以根据公平原则和诚实信用原则，确定举证责任承担的权利。依该《规定》第二条关于“没有证据或者证据不足以证明当事人的事实主张的，由负有举证责任的当事人承担不利后果”的规定，被法官确定的承担举证责任的一方当事人，若举证不能或不充分，将承担对其不利的法律后果。因此，由于举证责任的承担关涉当事人的权益实现问题，故有观点提出，需对法院享有的确定举证责任承担的权力细化，以防止司法权力滥用。
关于证据失权问题。《规定》第三十四条第一款规定，当事人应当在举证期限内向人民法院提交证据材料，当事人在举证期限内不提交的，视为放弃举证权利。由于《规定》规定的举证时限期间过短，在司法实务界，对于超过举证时限举证是否导致证据失权，存在不同的观点。第一种观点认为，应严格适用《规定》的观点，当事人的证据在举证期限内不提交的，视为放弃举证权利，法院不组织质证，除非对方当事人同意质证或者所举的证据是新证据。第二种观点认为，我国民事诉讼法第一百二十五条规定，当事人在法庭上可以提出新的证据。该条并没有规定当事人在举证期限内不提交证据，即应视为放弃举证权利。《规定》对新证据进行了严格限定，不利于保护当事人的合法权益。《规定》仅为司法解释，而民事诉讼法的效力高于前者，因此，还应依照民事诉讼法的规定对超过举证期限所举的证据组织质证、认证。如果严格按照《规定》所规定的举证期限举证，在司法实务中会引发大量因未及时举证而出现证据失权的现象，这将损害当事人的合法权益，激化社会矛盾，产生不良社会效果。事实上，大部分法院法官在司法实务中，均采取第二种做法，未轻易因当事人未在举证时限内举证就认定证据失权。故建议放宽举证时限的期限。

关于延长申请证人出庭以及要求法院调查取证的申请期限问题。《规定》第十九条及第五十四条分别规定，当事人及其诉讼代理人申请人民法院调查收集证据，不得迟于举证期限届满前七日；当事人申请证人出庭作证，应当在举证期限届满十日前提出，并经人民法院许可。有观点认为，较短的申请期限的规定，适用于法治发达国家。我国民众整体法律素质不高，在司法实务中，由于主客观原因，不能在上述申请期限之内提出申请的情形较多，如严格按照上述规定，则不利于保护权利人的合法权益，故应放宽对上述申请期限的规定。
关于质证、认证相关法律规定的理解与适用。《规定》第四十七条规定，证据应当在法庭上出示，由当事人质证。未经质证的证据，不能作为认定案件事实的依据。当事人在证据交换过程中认可并记录在卷的证据，经审判人员在庭审中说明后，可以作为认定案件事实的依据。有观点认为，不能机械地理解适用上述规定。并非所有经庭审质证的证据材料均可作为认定案件事实的依据，在被告一方未依法出庭、缺席判决的情形下，也不能因被告方未到庭、未对证据进行质证，就对相关证据不予认证，不进行判决，否则缺席判决制度形同虚设。
关于当事人申请鉴定时间及重新鉴定条件的相关规定存在的问题。有观点认为，《规定》相关规定不切合实际，缺乏可操作性。《规定》要求当事人申请鉴定的时间只能在举证期限以内，逾期申请的，除法定情况外，承担举证不能的后果，这与民事诉讼法的规定相矛盾，也与我国大多数当事人的法律意识和国情不符。《规定》虽然规定，当事人对鉴定结论不服，可以申请重新鉴定，但必须提供证据证实鉴定结论有错误。由于鉴定事项的专业性极强，由当事人提供这方面的证据相当困难，这一规定在实践中很难落实。
关于人民法院主动调查证据相关规定的问题。《规定》第十五条规定，民事诉讼法第六十四条规定的“人民法院认为审理案件需要的证据”，是指以下情形：（一）涉及可能有损国家利益、社会公共利益或者他人合法权益的事实；（二）涉及依职权追加当事人、中止诉讼、终结诉讼、回避等与实体争议无关的程序事项。第十六条规定，除本规定第十五条规定的情形外，人民法院调查收集证据，应当依当事人的申请进行。有观点认为，审判实践中，很多当事人或者没有申请，或者没有在法定的期限内申请法院调查证据，法院如果不主动调查相关证据就可能导致案件的错误处理。

二、诉讼时效法律制度适用中的疑难问题
关于诉讼时效利益能否预先放弃。一种观点认为，当事人可以自由处分自己的权利，故其可以通过约定预先放弃其诉讼时效利益。另一种观点认为，诉讼时效制度具有法定性，关于诉讼时效的规定是强行法。根据诉讼时效法定性的要求，当事人不能预先放弃诉讼时效利益但在诉讼时效期间届满后，债务人可抛弃时效利益。
关于分期履行合同诉讼时效起算点的确定。对此问题，各地法院做法不一。2004年12月，最高人民法院对该问题形成了统一的裁判尺度：基于同一合同所约定的债务具有整体性、分别起算会割裂合同的整体性、损害债权人利益的考虑，分期履行合同的诉讼时效应从最后一笔债务履行期限届满之次日起开始计算。在此之前，已经审结的案件不再适用该裁判标准，在此之后审理的一、二审案件，应当按照该裁判标准进行审理。
关于无效合同诉讼时效起算点的确定。第一种观点认为，合同无效，并不产生有效的请求权，也不发生有效合同的诉讼时效问题。第二种观点认为，无效合同的诉讼时效应自合同签订之次日起起算。原因在于：在当事人恶意串通情形下，当事人任何一方在订立合同之时，对于相对方因违法行为而致其财产损失的事实即已知晓，因此，其由于合同无效而享有赔偿损失及返还财产的请求权的诉讼时效应从合同签订的次日起算。第三种观点认为，因合同无效产生的不当得利返还与缔约过失责任的诉讼时效从合同被确认无效后起算。理由是：只有合同被确认为无效，判决或裁决不当得利返还，诉讼时效期间起算的事由出现，并且日期清晰明了，时效期间自该日期的次日起算，才妥当合理。第四种观点认为，请求确认合同无效的权利为一种形成权，不受诉讼时效制度的规制，但合同被确认无效后而产生的返还财产或赔偿损失的请求权，属于时效制度规制的范畴。一般而言，在合同无效后产生的返还财产或赔偿损失的请求权，往往是基于合同双方当事人自认为基于其真实意思表示而签订的合同具有有效性，一方已履行合同义务，而另一方不履行或不完全履行合同义务而产生的返还财产和赔偿损失请求权，合同双方当事人对其权利实现的期限均有明确、合理的预期，即合同约定的履行期限届满之日，因此，在约定期限届满而义务人不履行约定义务之时，权利人应认识到其权利受到侵害，而无论合同在事后是否被确认无效。所以，一般而言，无效合同的诉讼时效应当自合同约定的履行期限届满之次日起算，而不应从合同被确认无效之日起算。如认定从合同被确认无效之日起算诉讼时效，则因权利人怠于行使权利或以合同无效为由得以在无限的期间内随时要求合同对方实施给付行为，必将使其间的民事关系长期处于不确定状态，有碍于社会流转的客观需求和民事秩序的稳定，有悖于民事诉讼时效制度的本旨。
关于对诉讼时效中断事由的认定。在民商事审判实务中，有严格限定和认定诉讼时效中断事由的倾向。尽管督促权利人行使权利是诉讼时效的一个目的，但其并非惟一目的，近年来，倾向观点认为，诉讼时效制度的主要目的在于平衡当事人双方的利益，维护社会秩序，而非偏于限制权利人行使权利。诚实信用原则是私法领域的基本原则，债务人依法、依约履行债务是上述原则的根本要求，因此，对权利人权利的限制不能背离对权利人合法权利予以保护的民商法的基本原则，而且后者应优于前者，在可作出两种解释的情形，应作有利于债权人的解释，不能偏于督促权利人行使权利、对权利人进行限制的目的，而纵容债务人不履行债务、甚至是恶意逃债的不诚信行为。诉讼时效中断制度设定的目的在于明确和维持权利，只要有证据证明有明确和维持权利的事由，就应认定诉讼时效中断。例如，如果权利人有主张权利的意思表示，且该意思表示到达或应到达义务人，就应当认定权利人主张了权利，诉讼时效中断。在存在连带债务人的情形下，因任一债务人均负有对连带债务进行全部清偿的义务，且其清偿全部债务后享有向其他债务人追偿的权利，故只要债权人向连带债务的债务人中的一人主张权利，即应视为其向其他连带债务人主张权利，其对其他连带债务人的债权的诉讼时效也中断，不受其是否向其他连带债务人主张权利的影响。

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